Emmanuel Hirsch est directeur de l'Espace éthique Assistance publique-Hôpitaux de Paris, et du Département de recherche en éthique, Université Paris Sud "Études sur les sciences et les techniques". L'Espace éthique/AP-HP est Centre collaborateur pour la bioéthique de l'Organisation mondiale de la santé (OMS).
Dans le cadre du Plan Alzheimer 2008-2012 il coordonne l'Espace national de réflexion éthique sur la Maladie d'Alzheimer.